Việt Nam là một trong số 10 nước xuất khẩu thủy sản hàng đầu thế giới. Năm 2008 xuất khẩu thủy sản đã đem lại cho đất nước 4,562 tỷ USD. Các thị trường xuất khẩu thuỷ sản quan trọng nhất của Việt Nam là Mỹ, EU, Nhật và Hàn Quốc, chiếm hơn 50% tổng kim ngạch xuất khẩu.

Theo Đề án “Đẩy mạnh xuất khẩu và kiềm chế nhập siêu hàng hoá giai đoạn 2009 - 2010” của Bộ Công Thương, Việt Nam vẫn tiếp tục khai thác các thị trường này và đa dạng hóa các thị trường còn lại như Trung Quốc, các nước Đông Âu cũ và Úc.

Để đưa ra các giải pháp hữu hiệu cho việc phát triển ngành thủy sản, tại Đề án “Đẩy mạnh xuất khẩu và kiềm chế nhập siêu hàng hoá giai đoạn 2009 - 2010”, Bộ Công Thương đã xác định khó khăn chủ yếu mà các doanh nghiệp xuất khẩu thuỷ sản đang gặp phải, đó là áp lực từ các hành vi bảo hộ thương mại, các hàng rào kỹ thuật, kiểm dịch chặt chẽ và thường xuyên ban hành các tiêu chuẩn mới hơn về dư lượng kháng sinh và an toàn vệ sinh thực phẩm của các nước nhập khẩu. Nhiều doanh nghiệp xuất khẩu thuỷ sản hiện nay đang thiếu nguyên liệu trong nước để sản xuất trong khi thuế nhập khẩu ở mức cao 10% - 20%, hầu hết các nhà máy chế biến thủy sản chỉ hoạt động được khoảng 70% công suất do thiếu nguyên liệu chế biến. Để đáp ứng được các đơn hàng đó ký từ trước, nhiều doanh nghiệp buộc phải chọn giải pháp nhập khẩu nguyên liệu. Chỉ riêng cá hồi, bình quân mỗi năm Việt Nam phải nhập khẩu khoảng 1.500 tấn từ các nước châu Âu. Theo dự báo của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, để đáp ứng đủ nhu cầu chế biến xuất khẩu, từ nay đến năm 2010, nhập khẩu hàng thủy sản của Việt Nam sẽ tăng từ 8 đến 10%/năm, với giá trị khoảng 200 triệu USD/năm. Bên cạnh đó, các doanh nghiệp xuất khẩu thuỷ sản còn phải đối mặt với những yếu kém trong khâu marketing, sử dụng internet để tiếp thị cũng như đội ngũ quản lý, lao động đáp ứng trình độ...

Trên cơ sở xác định những khó khăn mà ngành thủy sản phải đối mặt, Bộ Công Thương đã đưa ra một số giải pháp cơ bản, trong đó nhấn mạnh đến việc duy trì tốc độ phát triển của ngành thủy sản hiện nay trên cơ sở tăng cường các yếu tố đảm bảo phát triển bền vững như: tái tạo nguồn lợi, an toàn cho ngư dân, từng bước điều chỉnh cơ cấu nghề cá, giảm khai thác ven bờ, phát triển đánh bắt xa bờ; Kiến nghị các cơ quan quản lý và các doanh nghiệp cần đẩy mạnh công tác kiểm tra, kiểm soát an toàn vệ sinh chất lượng hàng thuỷ sản từ khâu nuôi trông - nguyên liệu tới thành phẩm đề giữ uy tín cho hàng thuỷ sản của Việt Nam cũng như đáp ứng được yêu cầu của thị trường nhập khẩu, nghiên cứu và lai tạo các giống mới có chất lượng cao. Bộ Công Thương cũng đề xuất Chính phủ hỗ trợ kinh phí cho trang bị máy móc, thiết bị và chi phí kiểm tra dư lượng kháng sinh và vệ sinh an toàn thực phẩm (kể cả khâu thu mua nguyên liệu, sơ chế, sản xuất và xuất khẩu) cho doanh nghiệp; xem xét giảm thuế nhập khẩu nguyên liệu thủy sản trên cơ sở tham khảo các đối thủ cạnh tranh của Việt Nam như Trung Quốc, ASEAN; đơn giản hoá các thủ tục hải quan, tạo điều kiện cho các doanh nghiệp xúc tiến việc nhập khẩu nguyên liệu, góp phần giảm giá thành sản xuất thuỷ sản xuất khẩu và tăng tính cạnh tranh. Ngoài ra, tại Đề án “Đẩy mạnh xuất khẩu và kiềm chế nhập siêu hàng hoá giai đoạn 2009 - 2010”, Bộ Công Thương xác định, đẩy mạnh việc cho vay vốn ưu đãi nuôi trồng thuỷ sản đối với người dân và doanh nghiệp cũng là một trong các giải pháp quan trọng giúp doanh nghiệp thuỷ sản Việt Nam thâm nhập hơn nữa vào thị trường nước ngoài.